填写高新技术企业认定申请书的注意事项如下：
1.高新技术企业认定申请书必须是从高新技术企业认定管理工作网上下载填写生成的。
2.严格填写申请书内容：申报高企的企业必须如实填写高新技术企业认定申请书的全部内容，根据真实情况填写信息，相关财务数据必须与高新技术企业认定专项审计报告的内容一致。
(1)“企业研究开发项目情况表”部分应按项目进行填写，每个项目填一张，项目包括各级政府部门立项的科技项目和企业内部已经进行研发的项目。同时，每个项目必须填写所属的技术领域，并在“核心技术及创新点”一栏中填写该项目与《国家重点支持的高新技术领域》对应的最具体的描述。
(2)“上年度高新技术产品(服务)情况”一栏应该按企业上年度的高新技术产品(服务)项数进行填写，每项高新技术产品(服务)填写一张;多个系列的高新技术产品(服务)可以按照系列产品填写，每个系列产品填写一张表格;每一项高新技术产品(服务)必须填写其所属技术领域，并在“关键技术及主要技术指标”一栏中填写上该产品(服务)与《国家重点支持的高新技术领域》对应的最具体的描述。
(3)“近三年内获得的自主知识产权汇总表”部分，应正确反映企业拥有的核心自主知识产权与其主要产品(服务)和研发项目之间的对应关系。此外，企业还必须提供近三年有效知识产权证明材料。证明材料指的是近三年内通过自主研发、转让、受赠、等方式获得自主知识产权，提供专利维护费等能够证明知识产权所有权的证明材料。需要经过国家知识产权局备案的，需提供备案证明材料。
但是，在实践中，时常出现一些实际情况符合要求，但由于在填写资料时缺乏技巧，使得企业与高新技术企业失之交臂的情况。因此，建议企业在进行高新认定时在专业人员的指导下进行，或者委托给代理机构，这样既能节省高新技术企业认定的时间，还能大幅提高高新认定的成功率。
