高新技术企业认定的弊端，其实几乎不存在，无非就是偶尔查账，政府不查账，查账的是税务局，税务局一般情况下只有举报或者金税三期大数据弹出异常才会查，所以说非常低的概率会因为高新认定导致查账。而且，查账能叫隐患吗，企业要想做大做强诚信和规范是缺一不可的，大多数企业都是希望获得高新技术企业认定的，因为好处实在太多。
1.推动企业科技转型
创新是企业发展的根本动力，而高新认定政策是一项引导性政策，旨在引导企业调整产业结构，进行自主创新，持续创新的发展道路，激发企业自主创新的积极性，提高企业的科技创新能力。
2.提升企业的品牌形象
成为高新技术企业说明企业负责人具有较强的创新意识，较高的市场开拓能力和经营管理水平，也说明该企业是国家重点扶持的高成长性企业，具有良好的潜在经济效益。
3.享受税收优惠政策
(1)高新技术企业，企业所得税税率降低10%，享受15%的优惠税率。
(2)研发费用不形成无形资产，计入当期损益的，按实际发生额的75%在税前加计扣除;形成无形资产的，按无形资产成本的175%在税前摊销(税前加计扣除比例越高，税前扣除额越高，纳税额越少)。
4.提升企业市场价值
高新技术企业证明企业在所属领域中具有较强的技术创新能力和高端技术开发能力，有利于企业开拓国内外市场;也是投标的重要条件。
5.提升企业资本价值
政企采购优先选择高新技术企业，高新技术企业是吸引地方政府和行业组织对企业实施优惠政策和资金支持的重要条件，也使企业更有吸引风险投资机构和金融机构的实力，帮助企业快速投入产业化经营。
6.新三板上市加分
高新技术企业在新三板上市过程中有加分。
7.其他
申请瞪羚企业和政府专项资助的必要前提
企业职工教育经费不超过职工薪金8%的部分，准予税前扣除。
当银行收紧贷款政策时，高新技术企业可以申请无抵押信用贷款。
