《高新技术企业认定管理办法》(国科发火〔2008〕172号)、《企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)》(国税发〔2008〕116号)分别对高新技术企业认定和研发费加计扣除中研发费的归集内容和要求进行了规定，这其中就包括对高新技术企业研究开发费用构成项目的详细规范。按照国科发火〔2008〕362号的要求，企业研究开发费用归集内容包括人员人工、直接投入、折旧费用与长期待摊费用、设计费用、装备调试费、无形资产摊销、委托外部研究开发费用和其他费用等八项。根据(国税发[2008]116号)第四条的规定，企业从事符合规定项目的研究开发活动，其在一个纳税年度中实际发生的研发费用支出，只有八种符合规定项目的研究开发费用才可以加计扣除。由于政策之间存在差异，研究开发费用的归集范围也不尽相同，使得企业对研发费用的正确归集就显得尤为重要，现将两者的差异进行如下对比：
1、人员人工：是指在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴。高新企业认定中对研发费用人员人工的归集范围是从事研究开发活动人员(也称研发人员)全年工资薪金，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资以及与其任职或者受雇有关的其他支出。而可加计扣除的研发费用中人员人工只包括研发人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴，对于研发人员的社会保险费等费用则不属于可加计扣除的范围，范围明显小于高新企业的认定范围。
2、直接投入：是指从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。高新企业认定中直接投入是指企业为实施研究开发项目而购买的原材料等相关支出。如：水和燃料(包括煤气和电)使用费等;用于中间试验和产品试制达不到固定资产标准的模具、样品、样机及一般测试手段购置费、试制产品的检验费等;用于研究开发活动的仪器设备的简单维护费;以经营租赁方式租入的固定资产发生的租赁费等。加计扣除中的直接投入包括材料、燃料、动力费用以及专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发制造费，而对试制产品的检验费、用于研究开发活动的仪器设备的简单维护费等却没有提及。由此可见，高新企业认定的研发费用范围要大于研发费用可加计扣除的范围。
3、折旧费用与长期待摊费用：高新企业认定中对此项费用的归集包括执行研究开发活动而购置的仪器和设备以及研究开发项目在用建筑物的折旧费用，包括设施改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。加计扣除中该项只包括专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费。
4、设计费用：是指新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费。高新企业认定中的设计费用是指为新产品和新工艺的构思、开发和制造，进行工序、技术规范、操作特性方面的设计等发生的费用。按规定该项费用属于与研发活动直接相关的其他费用，对应于高新企业认定研发费用八大范围中的其他费用，其他费用不得超过研究开发总费用的10%，其性质划分存在一定的弹性空间，范围广于加计扣除对应项目。
5、装备调试费：高新企业认定中的装备调试费包括在工装准备过程中研究开发活动所发生的费用(如研制生产机器、模具和工具，改变生产和质量控制程序，或制定新方法及标准等)，而为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备和工业工程发生的费用不能计入。而加计扣除中的装备调试费只包括专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，两者的范围存在较大差异。
6、委托外部研究开发费用：高新企业认定工作指引对此费用进行了解释，是指企业委托境内其他企业，大学、研究机构、转制院所、技术专业服务机构和境外机构进行研究开发活动所发生的费用(项目成果为企业拥有，且与企业的主要经营业务紧密相关)，委托外部研究开发费用的发生金额按照独立交易原则确定。在认定过程中，按照委托外部研究开发费用发生额的80%计入研发费用总额。加计扣除中规定对企业委托给外单位进行开发的研发费用，凡成果为企业拥有，且与企业的主要经营业务紧密相关，则由委托方按照规定计算加计扣除，受托方不得再进行加计扣除。对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。
7、其他费用项目：其他费用项目：高新企业认定中规定企业为研究开发活动所发生的如：办公费、通讯费、专利申请维护费、高新科技研发保险费等，此项费用一般不得超过研究开发总费用的10%。加计扣除中包括研发成果的论证、评审、验收费用、勘探开发技术的现场试验费。由于高新企业认定时未对所有的费用进行明确列示，而加计扣除则采取列举的方法进行列示，所以对加计扣除政策中未列举的项目，都不允许计入加计扣除的范围。
两政策除了在研发费用归集内容的范围上有所不同，归集费用的应用目的与要求也不同。高新技术企业认定时，归集研发费的目的在于计算研发费占销售收入的比例是否符合规定，要求在认定或汇缴备案时报送《企业年度研究开发费用结构归集表》等相关资料，并对研究开发人数的统计做了相关规定(即要统计企业的全时工作人员，可以通过企业是否签订了劳动合同来鉴别，对于兼职或临时聘用人员，全年须在企业累计工作183天以上)。加计扣除政策中，归集研发费是为了按照其发生额的50%，在计算应纳税所得税时加计扣除，在企业享受加计扣除优惠时需履行备案手续，填报《可加计扣除研究开发费用情况归集表》等相关资料，对企业的研发人数未作要求。
综上所述，高新技术企业认定费用归集较研发费用加计扣除项目的要求较为宽松，但享受加计扣除优惠政策的企业并不一定具有高新技术企业资质，即对纳税人自主知识产权、企业成长性等其他方面没有要求。高新技术企业认定时适用的是《高新技术企业认定管理办法》，而税前加计扣除适用的是《企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)》，它们对研发费用归集的范围是不一样的。高新技术企业应当根据不同的业务目的和要求，按规定准确的统计研发费用，并且尽可能地享受税法带来的优惠，降低企业的税收成本，节约资金，对企业的长足发展具有深远意义。
